“Esiste nel nostro pianeta un immenso laboratorio naturale per lo studio dei grandi problemi del futuro. Questo laboratorio è l'Antartide, il continente più affascinante ed inesplorato della terra.” - Felice Ippolito
Nel 1981 l'Italia ha sottoscritto il Trattato Antartico del 1959 e nel 1985 ha avviato il Programma Nazionale di Ricerche in Antartide. Da quella data si sono sviluppati studi a carattere multidisciplinare in diversi campi delle scienze condotti da numerosi gruppi di ricerca delle università e degli enti pubblici. Tali ricerche hanno portato alla raccolta di importanti collezioni di materiali biologici, glaciologici e geologici.
Il Museo Nazionale dell'Antartide nasce per iniziativa del Ministro Antonio Ruberti che, nella legge 380 del 27 novembre 1991, ne prevedeva l’istituzione entro due anni e ne definisce i compiti in termini di conservazione, studio e valorizzazione dei reperti acquisiti nel corso delle spedizioni scientifiche e di ogni altra testimonianza relativa alla presenza italiana in Antartide. Al Museo è, altresì, affidato il compito di promuovere la diffusione dei risultati dell'attività scientifica svolta in Antartide. In attesa dell’istituzione del Museo i predetti compiti vengono affidati alle università di Genova, Siena e Trieste presso le quali erano concentrati la maggior parte dei reperti antartici.
L’effettiva istituzione del Museo avviene tramite un decreto del Ministro dell'Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica, Giorgio Salvini, il 2 maggio 1996. Il Museo è strutturato come Centro Interuniversitario tra gli Atenei di Genova, Siena e Trieste, e ai fini amministrativi ha sede presso l’Università di Genova. L’iter costitutivo del Museo si conclude con il decreto del Minstro Luigi Berlinguer del 1 agosto 1996, che prevede che la rappresentanza legale del Museo sia affidata al Presidente del Consiglio Scientifico e di Programmazione.
Nel corso degli anni, a partire dalla prima spedizione italiana in Antartide del 1985, sono stati raccolti numerosissimi reperti e costituite importanti collezioni biologiche, geologiche, glaciologiche che costituiscono un prezioso patrimonio conservato presso il Museo al servizio della comunità scientifica nazionale ed internazionale. Le sedi espositive, le mostre itineranti, il sito web e altri sistemi multimediali sono gli strumenti per eccellenza utilizzati per la diffusione e la divulgazione dei risultati della ricerca scientifica italiana in Antartide.
Il Museo è dedicato a Felice Ippolito, grande scienziato e divulgatore che ne è stato il primo presidente.